領域整合，課程朝向四大特色課群發展
國內現有公私立大學之政治學系相關研究所，在學科安排與課程規劃上，大致可分為兩類：一是區分科系，如台灣大學設政治學研究所、國家發展研究所等；政治大學設政治學研究所、公共行政研究所、外交研究所、國家發展研究所、東亞研究所等。另一類則是區分組別，如台大政治學研究所又區分為政治理論組、國際關係組及公共行政組。然這樣的分類方式最後往往朝向設置三個獨立系所的方向來發展。這二類方式著眼於政治學領域內的專業與分工，在實際的研究成果及功能上的確能達到此一目的，但卻不利於領域間之整合，致使各領域間的研究不免缺乏關聯性，無形中使研究成果受到侷限。
反觀本系碩士班多年來並無組別之硬性劃分，而是將課程依政治思想、比較政治、國際關係、行政與政策四大領域來設計。我們努力的目標的是四個交互重疊互通的學科領域（field），而非四個各自獨立的組。每一領域各有核心課程及選修課程，同時每一個領域的課群與其他領域之課群間也有密切的關係。在這樣的設計精神下，統合各研究領域於一體，同時又保有各研究領域之專業性。
108學年度開始，碩博士班課程朝向特色課群發展，以凸顯本系碩博士班課程特色，打造台灣政治學界教學與研究領域的特色招牌。為區隔市場，打造特色課群，打破以往領域各自開課的狀況，反而以各課群合作開課方式，相互承認課程，讓學生在課程選擇及修業上更為彈性，並可更專精於主修課群專業知識建構與發展。
除博士班專屬課程之外，本系博碩士班目前採合班上課，課程分為四大特色課群來規劃，分別為【民主與治理】、【國會與選舉】、【外交與國際關係】、【都會與危機治理】。各課群依實際需要開設一門理論性的核心課程列為必修，分別為國會與選舉課群的〈比較政治的理論與研究〉、外交與國際關係課群的〈國際政治理論〉以及都會與危機治理課群的〈公共行政理論〉。碩士班各課群共通必修課程為〈研究設計〉，博士班則為〈政治學方法論〉。
著重整合性的研究取向
為保有各研究領域的專業性，同時統合各研究領域為一體，歷年來本系在四個學科領域的基礎上，由各教師依其專業領域設立各類課程以及進行各項個別型或整合型研究計畫，例如黃秀端老師的「東吳大學提昇社會科學整合研究：華人社會人權論述與實踐」、徐永明老師的「中國政經動態觀測資料庫建制與分析」...等。 另外，為發展具有特色之研究領域，並開發具有潛力的教學課程，本系自2005年起陸續成立系屬的研究中心與工作室，並邀集本系教師共同參與。目前本系設有全球化與和平研究中心、國會研究中心、歐盟研究中心、聯合國研究中心、都會治理研究中心以及人權與民主教學研究工作室。這些研究中心與工作室，透過舉辦演講、座談、讀書會、研討會、教學示範、執行研究計畫等方式，提供系內教師的對話與合作平台，大幅凝聚本系的學術社群，有助於教學活動在內容與能力上之提升。
加強國際性學術交流
學術研究是無遠弗屆的，為避免政治學的研究有閉門造車之弊，本系強化國際學術交流，以激勵國內學術研究。具體作法如下：
- 廣邀國外著名學者來台進行學術講座：本系歷年來已邀請多位外國學者，如美國加州柏克萊大學Rita Maran教授、美國Joy Freeman教授、加拿大紐布朗斯維克徐乃力教授、日本東京大學若林正丈教授、美國紐約州雪城(Syracuse)市長Roy Bernardi、美國Michigan大學教授J.David Singer、Richard Hall、Christopher Achen、Ronald Inglehart、英國Warwich大學女性主義學者Dr. Caroline Wrigh、美國北德州大學Neal Tate教授、歐洲民主學院院長Heinrich Klebes、歐洲人權法院法官Georg Ress、紐西蘭Margaret Bedggood、Alexander Tan、Peter Hosking等教授、美國北德州大學政治系Karl Ho、James Meernik、David Mason、Philip Paolino等教授、美國Nebraska大學Andrew Wederman教授、美國杜克大學Donald L. Horowitz教授、美國德州大學政治系H. D. Clarke教授、美國德州大學奧斯汀校區政府系林澤民副教授、美國伊利諾州立大學政治系王德育教授、英國牛津大學Lawrence Whitehead教授、歐盟經貿辦事處龐維德副處長、哈薩克歷史與文明研究中心Laurence Klara主任、美國俄亥俄州立大學政治系Herbert F. Weisberg教授、美國紐奧良大學政治系C. D. Hadley教授、大陸民運人士王丹、王軍濤、胡平、貝嶺、王怡等來台從事學術性的講演，與本系師生進行學術對話，效果卓著。
- 鼓勵教師與學生出席國際學術會議，並於國際學術刊物發表論文及著作。本系規劃於每年度視實際需要，舉辦學術研討會，邀請國內外相關學者發表論文。如2001年1月舉辦「國家人權委員會與人權的促進與保障國際研討會」、2001年6月舉辦「府際關係學術研討會」、2002年3月舉辦「文學與政治關懷學術研討會」、2002年6月舉辦「政治學的發展：新議題與新挑戰學術研討會」、2003年12月舉辦台灣政治學會年會暨「世局變動中的臺灣政治學術研討會」、2005年5月舉辦「台灣選舉與民主化（2004總統大選）國際學術研討會」、2005年12月舉辦「第二屆兩岸國際政治學學術研討會」、2006年3月舉辦「兩岸知識份子論壇：診斷兩岸民主研討會」、2006年7月舉辦「政治的中心或邊陲：廿一世紀的立法機關與國會國際學術研討會」、2006年12月舉辦「歐盟與全球化：危機或挑戰研討會」、2007年7月舉辦「香港一國兩制十週年：回顧與挑戰國際學術研討會」、2007年10月舉辦「臺灣選舉與民主化調查：2006年北高兩市選舉國際學術研討會」、2008年4月舉辦「以文化外交提升台灣國際形象國際研討會」、2008年7月舉辦「歐盟新憲下的歐洲政經情勢與台歐關係契機學術研討會」、2008年11月舉辦「文本內容分析在中文世界的應用和推廣研討會」、2008年12月舉辦「太平洋企業論壇(四)：東亞經濟整合趨勢學術研討會」、2009年5月舉辦「黨政關係與國會運作學術研討會」、2010年5月舉辦「轉變中的行政與立法關係學術研討會」、2010年12月舉辦「2010年臺灣政治學會年會暨「重新思考國家：五都之後，百年前夕！」學術研討會」、2011年5月舉辦「民主、國會與決策學術研討會」、2011年12月舉辦「臺灣選舉與民主化調查2011年國際學術研討會：五都選舉」、2012年11月舉辦「劇變中的危機與轉機：全球治理的發展與困境學術研討會」、2013年5月舉辦「國會與政府體制學術研討會」、2013年11月舉辦「第四屆國際人權教育研討會」、2014年5月舉辦「解構服貿論壇：兩岸經貿協議面面觀」、2014年6月舉辦「第六屆國會學術研討會：九月政爭後的憲政民主與國會運作」、2015年4月舉辦「21世紀的華人人文與社會：2015兩岸青年學術論壇」、2015年5月舉辦「第七屆國會學術研討會：公民憲政vs.代議民主」、2015年12月舉辦「2015台北--蘇州城市論壇：城市治理–兩岸城市的對話」、2016年5月舉辦「第八屆國會學術研討會：新國會、新總統、新版圖」 、2017年6月舉辦「變局中的昂揚：民意、國會與行政」、2017年11月舉辦「東吳-蘇州城市發展研討會：城市治理的新挑戰」、2018年6月舉辦「第十屆國會學術研討會：憲政民主與國會決策」、2018年6月舉辦「2018年台灣公共行政與公共事務系所聯合會年會暨國際學術研討會－變動中的公共行政：新價值、新議題與新挑戰」、2019年5月舉辦「第十一屆國會學術研討會：資訊科技下的國會研究」、2019年11月舉辦「第五屆城市發展論壇：城鄉治理的新議題」、2020年6月舉辦「第十二屆國會學術研討會：新國會、新趨勢、新方法」、2021年7月舉辦「第十三屆國會學術研討會：變局中的國會角色與動能」、2022年6月舉辦「第十四屆國會國際學術研討會：民主危機下的國會角色」、2023年6月舉辦「第十五屆國會國際學術研討會：全球危機下的民主與國會」等，吸引國內外學界眾多專家學者參與，深獲好評。
- 鼓勵學生在學期間，出國進修一年：為使博士班學生除修畢應完成之學分及論文外，我們積極與若干國外相關大學及研究機構合作，透過進修之機會，使學生能掌握國外最新的研究成果，確保本系所培育之博士水準。
整體而言，透過上述的規劃與運作加強國際間學術交流，藉以提升本系在政治學研究領域的國際學術地位。